Pejabat Audit Dalam (IAO) UniMAP yang dahulunya dikenali sebagai Unit Audit Dalam telah ditubuhkan pada 12 Mei 2003 selaras dengan kehendak Surat Pekeliling Am Bilangan 3 Tahun 1998, Perkara 7, iaitu Peranan Pejabat Audit Dalam (dibatalkan dan digantikan dengan Surat Pekeliling Am Bilangan 5 Tahun 2024, Perkara 6 iaitu Peranan Unit Audit Dalam). Unit Audit Dalam telah dijenamakan semula kepada Pejabat Audit Dalam pada 15 April 2020.  Pejabat Audit Dalam UniMAP bertanggungjawab terus kepada Naib Canselor. Sehingga bulan Disember 2024, jumlah keseluruhan staf Pejabat Audit Dalam adalah seramai 11 orang bagi melaksanakan tugas yang telah diamanahkan