Pejabat Audit Dalam (IAO) UniMAP yang dahulunya dikenali sebagai Unit Audit Dalam telah ditubuhkan pada 12 Mei tahun 2003 selaras dengan kehendak Surat Pekeliling Am Bilangan 3 Tahun 1998, Perkara 7, iaitu Peranan Unit Audit Dalam. Unit Audit Dalam telah membuat penjenamaan semula kepada Pejabat Audit Dalam pada 15 April 2020. Pejabat Audit Dalam UniMAP bertanggungjawab terus kepada Naib Canselor. Sehingga bulan Februari 2023, Pejabat Audit Dalam mempunyai 12 orang staf bagi melaksanakan tugas yang diamanahkan.